Η διαχειριστική αρχή του Ε.Π. εξετάζει τις προτάσεις βάσει κριτηρίων που εξειδικεύονται στο Συμπλήρωμα Προγραμματισμού  από την Επιτροπή Παρακολούθησης κάθε Ε.Π., στα πλαίσια κατευθύνσεων της Διαχειριστικής Αρχής

Η αξιολόγηση μπορεί να είναι είτε άμεση είτε συγκριτική.

Στις περιπτώσεις συγκριτικής αξιολόγησης, η μεθοδολογία αξιολόγησης δημοσιοποιείται πριν από την υποβολή των προτάσεων.

Ο έλεγχος της επιλεξιμότητας και της συμβατότητας ασκείται από τη διαχειριστική αρχή του ΕΠ.

Στα ειδικά θέματα κατά την αξιολόγηση, η διαχειριστική αρχή μπορεί να υποστηριχθεί και με υπηρεσίες εξωτερικών εμπειρογνωμόνων.

Εάν η προτεινόμενη πράξη κρίνεται ανεπαρκής για ένταξη, η διαχειριστική αρχή ενημερώνει τον τελικό δικαιούχο για την απόρριψη, με σχετική αιτιολόγηση. Όπου κρίνεται αναγκαίο προσκαλεί τον τελικό δικαιούχο να επανυποβάλλει βελτιωμένη την αρχική πρόταση ένταξης της πράξης.