Για την αποτελεσματική διαχείριση, παρακολούθηση και έλεγχο των συγχρηματοδοτούμενων παρεμβάσεων από εθνικούς και κοινοτικούς πόρους, σύμφωνα με τις διατάξεις του Κανονισμού (ΕΚ) 1260/1999 του Συμβουλίου της 21ης Ιουνίου 1999 "περί γενικών διατάξεων για τα διαρθρωτικά Ταμεία", δημιουργήθηκαν και λειτουργούν τα ακόλουθα όργανα :
· Διαχειριστική Αρχή του ΚΠΣ
· Διαχειριστικές Αρχές των Επιχειρησιακών Προγραμμάτων
· Επιτροπή Παρακολούθησης του ΚΠΣ
· Επιτροπές Παρακολούθησης των Επιχειρησιακών Προγραμμάτων
· Αρχή Πληρωμής του ΚΠΣ, των Κοινοτικών Πρωτοβουλιών και του Ταμείου Συνοχής
· Επιτροπή Δημοσιονομικού Ελέγχου (ΕΔΕΛ)
Επιπλέον των ανωτέρω οργάνων, λειτουργεί και ένας υποστηρικτικός φορέας, η Μονάδα Οργάνωσης της Διαχείρισης του Κοινοτικού Πλαισίου Στήριξης.
Η σύνθεση, η εξειδίκευση των αρμοδιοτήτων και ο τρόπος λειτουργίας αυτών των οργάνων καθορίζονται με το Νόμο 2860/2000 που ψηφίστηκε από το Ελληνικό Κοινοβούλιο.
Βάσει του παραπάνω Νόμου και των προβλεπόμενων στο Κεφάλαιο των Διατάξεων Εφαρμογής του ΚΠΣ, οι αρμοδιότητες των Διαχειριστικών Αρχών διαχωρίζονται σαφώς από τις αρμοδιότητες της Αρχής Πληρωμής και των Τελικών Δικαιούχων.